Manuel Carballo comenzó a practicar gimnasia a los 6 años de edad en Madrid, entrando a formar parte de la selección española a los 14 años, donde se mantuvo hasta su retirada profesional en 2013. Durante su periodo en activo vivió en la Residencia Joaquín Blume y entrenó en el Centro de Alto Rendimiento de Madrid.
En 2005 se adjudicó por primera vez el título individual del Campeonato de España de Gimnasia Artística Masculina disputado en Vitoria, por delante de sus compañeros Isaac Botella y Rafael Martínez. Ese mismo año se proclamó campeón de Europa de barras paralelas en los Europeos disputados en Debrecen (Hungría).
En 2007 formó parte del equipo español que consiguió la sexta plaza en los Mundiales de Stuttgart (Alemania), obteniendo así la plaza para los Juegos Olímpicos del siguiente año.
Formó parte del equipo español de gimnasia para los Juegos Olímpicos de Pekín 2008.1 Participó en el concurso completo por equipos, quedando en la 11ª posición.
Continuó un ciclo olímpico más preparándose para los Juegos Olímpicos de Londres 2012, llegando al Preolímpico clasificatorio en enero, donde no pudo competir debido a una lesión de rodilla, lo que le relegó al puesto de suplente hasta los JJ.OO. de ese mismo año.
Manuel Carballo acabó su etapa deportiva a principios del 2013 después de más de 15 años dedicado a la gimnasia. Desde aquí comenzó una nueva etapa como entrenador y formador de diferentes prácticas deportivas como el CrossFit, disciplina que imparte en la actualidad.
